1、前列腺的比邻关系复杂
前列腺上邻膀胱，后邻直肠，外上方是精囊和输精管壶腹，中有尿道和射精管穿过，这些器官病变及前列腺病变均可相互影响。前列腺是个腺性分泌器官，前列腺外因区腺管垂直角或斜行进入后尿道，路径长且开口较小，容易受很多因素影响而排泌不畅，造成前列腺液的潴留，并容易诱发感染。
2、前列腺的组织结构改变
慢性前列腺炎可导致前列腺体内血管闭塞、腺体实质的纤维化与疤痕形成、腺体萎缩变硬或水肿，甚至钙化及结石形成，使药物治疗很难在前列腺内达到有效的药物浓度，病原体可以在局部大量繁殖和扩散，进一步加重了局部炎症反应、腺管闭塞范围和纤维化程度。
3、前列腺炎的病因复杂多样
除细菌感染外，自身免疫反应或免疫异常、盆底精神肌肉紧张、前列腺内的尿液返流、物理损伤、前列腺结石、炎症、长期充血、尿酸异常、尿道狭窄、精睾肥大、前列腺增生、食物过敏、真菌或病毒感染等也是造成前列腺疼痛和炎症反应的重要因素，前列腺周围组织器官，肌肉和神经功能障碍也可能导致前列腺炎的病理改变。
4、不良生活习惯的持续存在
许多前列腺炎患者的发病就是因为在生活中存在许多不良的习惯，如生活中不讲究卫生，有不洁性生活史、频繁性交或手淫、酗酒或大量食用刺激性食物，长距离骑车或久坐、局部不注意保暖等多种因素均可造成患者前列腺长期充血，诱发慢性前列腺炎，并最终使其久治不愈。而且这些患者患病后及治疗期间，不良生活习惯可能仍然存在。
5、精神心理因素和消极的应对方式
慢性前列腺炎患者可有失眠、健忘、焦虑、抑郁，甚至胡思乱想乃至悲观失望等情绪，这方面的困惑有时甚至超过疾病本身的痛苦，导致有的四处乱投医，有的则自暴自弃，成为慢性前列腺炎难治的原因之一。
6、医患关系复杂
目前社会办医较多，鱼龙混杂情况严重，医疗广告泛滥，游医也大量存在，有意无意的误诊、误治难免存在。一些大医院的泌尿科医生缺乏系统培训，缺乏有效的治疗手段，使许多患者误认为前列腺是根本治不好的病，影响了慢性前列腺炎的系统诊断和规范治疗。另外，大量地使用抗生素及滥用其他药物，破坏了患者的机体免疫，使得患者病情进一步加重。